La conservación de las colecciones es una tarea cotidiana en la Estancia Jesús María - Museo Jesuítico Nacional. Por ello se encuentran instalados allí talleres de restauración dedicados a bienes en soporte papel, pintura de caballete y esculturas policromadas en madera.
Un ejemplo del invaluable trabajo de los especialistas del Museo fue la restauración de la pintura “San Ignacio de Loyola”. El proceso de varios años no fue sencillo, los especialistas debieron dar respuestas a problemas en el soporte, es decir en la tela, y en la superficie, que dificultaban la apreciación de las imágenes. La orina de murciélagos y el polvillo acumulado, ocasionaron pérdidas irreversibles de algunas figuras que se encuentran en la parte superior del cuadro.Los profesionales limpiaron la superficie, removieron antiguos parches y adhesivos, aplicaron injertos en las faltantes de tela, y zurcieron los tajos. Un detallado trabajo que refleja parte del trabajo de estos guardianes silenciosos de las huellas del pasado.